Dfyjkt

I have a data frame that I would like to stack in R so that I end up with three columns. Below cis some example data in its current format.

> dput(df)
structure(list(Day = c("d1", "d2", "d3", "d4", "d5", "d6", "d7", 
"d8", "d9", "d10"), A1 = c(14L, 24L, 22L, NA, NA, NA, NA, NA, 
NA, NA), A2 = c(9L, 15L, 34L, 2L, 12L, 34L, 234L, 34L, NA, NA
), A3 = c(3L, 4L, 19L, 76L, 34L, 34L, 23L, 24L, 37L, 44L), A1.1 = c(34L, 
55L, 75L, 12L, 56L, 35L, 3L, 22L, NA, NA)), .Names = c("Day", 
"A1", "A2", "A3", "A1.1"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-10L))

> df
 Day A1 A2 A3 A1.1
1 d1 14 9 3 34
2 d2 24 15 4 55
3 d3 22 34 19 75
4 d4 NA 2 76 12
5 d5 NA 12 34 56
6 d6 NA 34 34 35
7 d7 NA 234 23 3
8 d8 NA 34 24 22
9 d9 NA NA 37 NA
10 d10 NA NA 44 NA

I would like to end up with the dataframe formatted like so with three columns entitles "Day", "Animal" and "Count":

 Day Animal Count
d1 A1 14
d2 A1 24
d3 A1 22
d4 A1 NA
d5 A1 NA
d6 A1 NA
d7 A1 NA
d8 A1 NA
d9 A1 NA
d10 A1 NA
d1 A2 9
d2 A2 15
d3 A2 34
d4 A2 2
d5 A2 12
d6 A2 34
d7 A2 234
d8 A2 34
d9 A2 NA
d10 A2 NA
d1 A3 3
d2 A3 4
d3 A3 19
d4 A3 76
d5 A3 34
d6 A3 34
d7 A3 23
d8 A3 24
d9 A3 37
d10 A3 44
d1 A1 34
d2 A1 55
d3 A1 75
d4 A1 12
d5 A1 56
d6 A1 35
d7 A1 3
d8 A1 22
d9 A1 NA
d10 A1 NA

I know that this should be an easy task but I am really struggling to find the solution. Any help with be much appreciated.

With dplyr and tidyr:

library(dplyr)
library(tidyr)
df <- df %>% 
 gather("animal", "count", -Day)


head(df)
# Day animal count
# 1 d1 A1 14
# 2 d2 A1 24
# 3 d3 A1 22
# 4 d4 A1 NA
# 5 d5 A1 NA
# 6 d6 A1 NA

It can be done with base R function melt:

melt(df)

OUTPUT :

Day variable value
1 d1 A1 14
2 d2 A1 24
3 d3 A1 22
4 d4 A1 NA
5 d5 A1 NA
6 d6 A1 NA
7 d7 A1 NA
8 d8 A1 NA
9 d9 A1 NA
10 d10 A1 NA
11 d1 A2 9
12 d2 A2 15
13 d3 A2 34
14 d4 A2 2
15 d5 A2 12
16 d6 A2 34
17 d7 A2 234
18 d8 A2 34
19 d9 A2 NA
20 d10 A2 NA
21 d1 A3 3
22 d2 A3 4
23 d3 A3 19
24 d4 A3 76
25 d5 A3 34
26 d6 A3 34
27 d7 A3 23
28 d8 A3 24
29 d9 A3 37
30 d10 A3 44

You want to format your data frame from a wide format to a long format using the melt function of the reshape 2 package also answered here

library(reshape2)

df <- structure(list(Day = c("d1", "d2", "d3", "d4", "d5", "d6", "d7", 
 "d8", "d9", "d10"), A1 = c(14L, 24L, 22L, NA, NA, NA, NA, NA, 
 NA, NA), A2 = c(9L, 15L, 34L, 2L, 12L, 34L, 234L, 34L, NA, NA
 ), A3 = c(3L, 4L, 19L, 76L, 34L, 34L, 23L, 24L, 37L, 44L)), .Names = c("Day", 
 "A1", "A2", "A3"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -10L
 ))
long_format <- melt(df)
colnames(long_format)[2:3] <- c("Animal","Count")